SIESTA是一种实现电子结构计算和第一性原理分子动力学模拟的程序

　　官方主页：http://www.icmab.es/siesta/

　　背景介绍：(Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands ofAtoms)是一种实现电子结构计算和第一性原理分子动力学模拟的程序，同时也是一种实现的方法。软件主要由剑桥大学地球科学系Emilio教授、西班牙马德里Autónoma大学的Soler与其他大学的研究人员共同开发的。SIESTA最早于1997年发布SIESTA 0.8版本，分别经历了SIESTA 0.9、SIESTA1.1、SIESTA1.3, 现在最新的版本是SIESTA2.0，它于2006年开发完成的。

　　软件功能：SIESTA用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟。SIESTA使用标准的Kohn-Sham自恰密度泛函方法，结合局域密度近似(LDA-LSD)或广义梯度近似(GGA)。计算使用完全非局域形式(Kleinman-Bylander)的标准守恒赝势。基组是数值原子轨道的线性组合(LCAO)。它允许任意个角动量，多个zeta，极化和截断轨道。计算中把电子波函和密度投影到实空间网格中，以计算Hartree和XC势，及其矩阵元素。除了标准的Rayleigh-Ritz本征态方法以外，程序还允许使用占据轨道的局域化线性组合。使得计算时间和内存随原子数线性标度，因而可以在一般的工作站上模拟几百个原子的体系。程序用Fortran 90编写，可以动态分配内存，因此当要计算的问题尺寸发生改变时，无需重新编译。程序可以编译为串行和并行模式。

　　软件主要有以下功能:

　　l 总能量和部分能量

　　l 原子力

　　l 应力张量

　　l 电偶极矩

　　l 原子，轨道和键分析 (Mulliken)

　　l 电子密度

　　l 几何松弛，固定或者改变晶胞

　　l 常温分子动力学

　　l 可变晶胞动力学 (Parrinello-Rahman)

　　l 自旋极化计算(共线或者非共线)

　　l BZ区的k-取样

　　l 态的局域和轨道投影密度

　　l 能带结构

　　l 通过过滤或移到原子格点的方法平滑“蛋箱效应”

　　l HF和混和泛函

　　l 用多格点方法对溶剂中的分子计算Poisson-Boltzman方程

　　l 其它的线性标度方法

　　l 增强的MD历史框架

　　Siesta 3.0新增功能：

　　1. 功能增強：TranSiesta功能;主程序模块化;计算COOP/COHP/PDOS曲线的新程序，用于化学分析;优化基组、赝势的工具程序;新的过滤流程，用于减少蛋箱结构的影响。

　　2. 新的工具：新版本denchar;新的检查蛋箱脚本;赝势文件解释器;加入新的STM-图像代码;Python、Matlab、Octave语言的脚本工具。

　　3. 新的功能：更灵活的产生基组选项;正确处理带电表面;Ordejon-Mauri线性标度泛函支持奇数电子;PBEsol和Wu-Cohen泛函;优化的增强;新的分子力学框架，包括Grimme型vdW;任意k点。