GROMACS：开源的分子动力学软件

　　官方主页：http://www.gromacs.org/

　　简介

　　GROMACS是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂健作用的体系，但是由于GROMACS在计算非键作用(这占了模拟的主要部分)时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物。

　　功能

　　GROMACS除了支持现代分子动力学的全部常见算法，还有一些颇具竞争力的新特色：

　　1、 GROMACS对代码进行了很多算法上的和针对不同硬件的优化，执行效率通常比其它同类程序高3-10倍

　　2、GROMACS界面友好

　　3、不用脚本语言，所有程序使用简单的命令行选项接口用于输入和输出文件。程序还提供支持全部程序模块的图形用户界面

　　4、进行计算时，GROMACS会告诉用户用了多少时间，以及预计还需要多长时间

　　5、输入文件和轨迹文件与硬件无关，因此可以被不同版本的GROMACS读取。程序还具有向下兼容性

　　6、通过使用有损耗压缩技术，提供了存储轨迹文件的紧凑方法

　　7、大量用于轨迹分析的工具，并可提供数学分析软件Xmgr/Grace格式的图

　　8、轨迹浏览器，只需要标准X的支持

　　9、使用标准MPI通信进行并行计算

　　10、GROMACS包含几种绝妙的算法，可以极大地提高计算效率却不损失计算精度

　　11、包含完全自动的拓扑生成器，产生蛋白质甚至是多聚体的结构

　　12、正在开发的GROMACS到量子化学和生物信息学数据库的接口