从“大而全，小而全”转向“有所为，有所不为”
曙光一号和曙光1000在技术上的巨大成功并没有得到相应的市场回报，曙光1000在国内仅仅卖出了几台。问题出在哪呢？操作系统。曙光1000在购买的AT&T UNIX操作系统源程序基础上进行了修改，并成功开发了符合POSIX工业标准SNIX。但操作系统的改动导致用户从国外购买的应用软件目标码不能在曙光机上运行。而拥有源程序的数据库及第三方软件开发商由于曙光机起步时销量不大，都不愿意主动移植他们的商用软件与曙光机捆绑销售。这就迫使曙光机只能卖给那些自己编写应用程序的用户。操作系统修改引起的“多米诺骨牌效应”无疑为曙光机自身制造了市场准入壁垒，从而限制了曙光机的大面积推广。
尽管并行UNIX操作系统曾经是曙光机的标志性成果，曾经代表着国家智能机中心的学术水平，但国际巨头制造的市场化的标准壁垒已经形成，用户的需求是第一位的，我们的技术创新应该为用户创造价值，而不是制造“麻烦”。经过痛苦的反思，李国杰院士再次痛下决心：“为了保证成千上万种已有的商品化应用程序目标码能在曙光机上运行，节点上的UNIX操作系统（IBM AIX操作系统）一行都不许改动，但在节点操作系统之上我们要开发尚未形成工业标准的机群操作系统，以实现对整个机群几百个处理机的系统管理、资源管理、作业管理和文件管理等等。”1998年推出的曙光2000-I、1999年推出的2000-II和2000年推出的曙光3000都证明这条适合中国国情的路线走得通。
这次转折正式开启了曙光系列高性能计算机研发从“大而全，小而全”向“有所为，有所不为”的转变历程，也成为曙光2000和曙光3000最有意义的创新。
1997-1998年间，李国杰院士创造性地提出了“有所为，有所不为”的技术路线。通俗地讲，就是“站在巨人的肩膀上，咬着巨人的耳朵”，在工业标准的基础上，进行自主技术创新和开放式创新，在“可为”和“有所为”的领域实现精细化和专业化，以达到既能提升技术核心竞争力，又能更好地满足用户需求的企业目标。
从根本上来说，“有所为，有所不为”就是如何平衡技术创新与市场需求之间的矛盾。一方面，从国家长远战略需求和企业核心竞争力培养的角度来看，我们要在系统与部件的核心技术层面进行创新，打造完全自主的信息技术产业链；另一方面，从市场准入规则和用户应用需求的角度来看，只有符合现行工业标准的产品才能更好地满足更多的用户需求，也才真正具有现实意义的市场竞争力。关键是找到二者间具有非常好的效益的“平衡点”。
