嘉宾介绍:赵方庆,博士,研究员。中科院“百人计划”入选者。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学。2006年7月至2007年底在美国宾州州立大学生物化学和分子生物学系做博士后研究,方向是光合微生物的基因组学。2008年1月至2010年底在该校的比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学的研究工作。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员,主要研究方向为计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院计算生物学联合研究中心秘书长。目前已在国际刊物上发表研究论文30余篇。
演讲主题:高性能计算与基因组科学
主题概述:新型高性能仪器设备的开发和运用,一直推动着科技的不断创新和进步,也在生命科学相关领域的发展中发挥着不可替代的作用。近几年来,以新一代测序仪和质谱仪等为代表的大型仪器设备,在基因组学和蛋白质组学分析中得到了广泛的应用,通过生成大规模数据实现了真正意义上的“组学”研究,并对学科发展产生着极其深远的影响。然而,新一代的检测技术也从根本上撼动了传统的组学数据分析模式,在计算生物学算法方面给研究者们带来了巨大的挑战。当前对基因组学的研究已经不仅仅局限于序列的测序与组装,更多的是通过大规模深度测序识别基因组结构及其变化的生物学意义,如通过基因组测序来认识疾病的发病机理与进化发展过程,从而来防止疾病的发生或找出医疗的方法。针对第二代测序仪生成的大规模测序数据,并行化和自动化的高性能计算有助于进行高效的序列处理,分析各类基因组学问题,帮助研究者更加快速准确地从海量、零散的信息中挖掘出生物学本质。
