优中选优 用性能说话

    在系统招标初期，该所要求各投标厂商先期提供设备进行测试，目前实验室的主要应用有用于分子对接的DOCK软件，以及蛋白质分子模拟软件CHARMM等。其中CHARMM是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，主要用于生物大分子的模拟，包括能量最小化，分子动力学和蒙特卡罗模拟等，测试方案是用生命所最常用的软件Charmm对各家机器进行Benchmark测试，并根据实际运行时间和IO能力进行综合打分，以作为评标参考。

    北京生命科学研究所作为浪潮的老客户，浪潮对其应用非常熟悉，技术团队从方案和部件本身都做了精心的准备。大规模的集群系统，功耗和密度是每一位用户面临的巨大问题，方案首先选择了高密度、低功耗的NX7100DB刀片服务器作为节点，在7U空间内集成10个刀片，支持冗余千兆以太网和infiniband交换技术，性能强劲；同时，浪潮技术团队从硬盘I/O、硬件系统、软件环境等多个层次进行了数十次测试优化工作，其中针对硬盘的优化和测试，就高达20次，对操作系统的验证，达到近20个不同版本，最终采用了Redhat Linux AS5.0操作系统，并对其参数进行了大量优化工作，方案搭建完成后，浪潮方案开发实验室采用支持OpenMP的Intel编译器，高性能数学库，VTune等性能调优工具围绕CHARMM等客户应用软件做了进一步的优化工作，将系统性能值进一步提高了30%以上。

    结果在由生科所主持的CHARMM以及系统I/O性能测试中，浪潮在4家厂商送测的5款产品中以绝对优势胜出，在同处理器配置下两项成绩高出平均水平20%以上，实测系统I/O速度高达87.5MB/S，浪潮天梭高性能解决方案一举胜出。

高密度 高性能 生命探索新引擎

    基于NX7100DB刀片服务器的浪潮天梭TS10000高性能计算系统具有高密度、易维护、易扩展等特点。该集群在有限的空间内部署了100个计算节点，能够提供多达800颗计算核心，峰值计算能力达到7.5万亿次，计入已有的102节点，峰值能力达到14万亿次，成为生命科学领域的第一个浮点高峰。100个刀片节点，仅占用10个机箱空间，实际部署不到3个机架。随机配送的浪潮天梭监控管理软件针对服务器节点的运行状态，实现实时监控和管理，发现故障时在控制台端向管理员报警，为系统管理员提供了一个统一、集中、可视化、跨平台的远程管理环境。

    生命科学研究所的相关负责人表示，他们的研究方向涉及生命科学、计算化学等多个领域，对高性能设备具有很强的依赖性，科研进度受平台性能影响很大，浪潮天梭的上线使得计算效率提升了一倍有余，这对他们抢占生命科学前沿领域具有重要意义。