【IT168 资讯】日前,采用刀片架构的浪潮天梭10000在北京生命科学研究所上线运行,这套高性能计算系统峰值计算能力超过14万亿次,成为我国生命科研领域浮点计算能力的新高峰,相比原有系统,作业运行时间减少了50%以上,有效提高了该所的科研效率。
性能与需求的“超车”比赛
生命科学作为一门在农业、医药、环保等领域有着广泛应用的实验科学,对高性能计算有着高度依赖。无论是蛋白质模拟还是海量基因数据的收集、筛选与排序,都离不开具有强大运算能力的高性能计算平台。而在我国生命科学飞速发展的背景下,高性能计算在生命科研领域的应用也正在迈上新的水平。
组建于2003年的北京生命科学研究所,是我国政府在新世纪推动生命科学技术快速发展的重要战略布局之一。与国内传统科研院所不同,北京生科所采用与国际接轨的管理和运行机制,以全球一流的科研人员为班底,进行原创性的生命科学的基础研究和人才培养。目前,该所已经成立了包括10位诺贝尔奖获得者在内的24位国内外知名专家组成的科学指导委员会,在《细胞》、《科学》、《自然》等国际一流学术刊物上发表高水平论文数十篇。其雄厚的科研实力在国际生命科学界占有一席之地。
与其在体制探索和业务创新上的“大跨步”一脉相承,北京生科所在构建硬件计算平台方面也走在了业界的前列。2008年初,北京生科所引入了被称为“中国45nm四核第一单”的浪潮天梭TS10000高性能计算集群。这套包含102个计算节点的高性能计算系统采用了当时非常先进的Intel 45nm四核处理器,浮点运算能力达到6.5万亿次,将蛋白质模拟等作业的运行效率提升了几十倍,以前需要几天时间的任务,该系统几小时就能完成。
对于一年前引进的这套计算系统,科研所的相关负责人给予了高度评价,平台运行一年来一直运行稳定,从未出现任何技术故障,同时浪潮还提供了免费的技术咨询和机房迁移服务,这些对于该所科研效率的提升起到很大的作用。但由于业务量的不断加大,平台的运算能力逐渐接近了瓶颈。据该负责人介绍,系统建成以来,这套天梭高性能系统一直处于饱和状态,经常同时运行100-200个作业,300-400个作业在排队,科研所决定在该系统的基础上进行扩容。