量子力学：QMCPACK

　　量子蒙特卡洛(QMC)是目前计算多粒子凝聚态系统的最精确的方法，它是通过模拟量子系统来解决量子多体问题，它利用蒙特卡洛方法来解决多维积分问题，模拟时通过增加迭代次数来减小误差。

　　社区大气模型(Community Atmosphere Model，简称CAM)

　　CAM是NCAR(National Center For Atmospheric Research，即美国大气研究国家中心)为天气和气候研究社区开发的全球大气模型系列中最新的应用。此外，CAM还是社区气候系统 (Community Climate System Model，简称CCSM)的一部分。

　　经典分子动力学(LAMMPS)："Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator"

　　LAMMPS是一个经典的且目前被广为使用的分子动力学程序，可以用来模拟液体中的粒子，固体和气体的系统。可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属体系。LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。LAMPPS的原理是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子、原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

　　Reactive Flow Modeling: PFLOTRAN

　　地下流体模拟软件。例子有一些重要的环境问题：geologic sequestration of CO2等。

　　A massively parallel 3-D reservoir simulator, PFLOTRAN, can model multiphase reactive flows in geologic formations based on continuum scale mass and energy conservation equations.

　　它采用了PETSc工具包模块和高效的牛顿克雷洛夫(Newton-Krylov)求解框架。