计算化学
计算化学是理论化学的一个分支,主要目标是利用有效的数学近似以及电脑程序计算分子的性质用以解释一些具体的化学问题。对于计算化学类的应用,比如Gaussian、VASP,随着计算规模的扩大,内存需求会随基函数数量的平方而增加,特别是对于Gaussian而言,其支持Open-MP和TPC-Linda两种并行方式,前者的并行效率要远远高于后者,另外Gaussian在选择MP2计算方法时,会产生大量临时文件常驻内存,因此更适合在一台大内存高计算能力的胖节点上做大型Gaussian的计算任务。
山东大学在计算化学领域具备较强的实力,实力的背后离不开高性能的计算平台。该计算平台由浪潮承建,胖节点选用TS850,无论从性能方面,还是在内存方面都具备领先优势,这也是该解决方案最大的亮点。该方案也应用在了安徽大学计算化学领域的高性能计算。浪潮高性能解决方案借助胖节点浪潮TS850的共享大内存并行系统架构,能够提供足够的共享内存来运行Open-MP程序,提高程序的运行效率。
生命科学
随着基因组学的快速发展,其产生的海量数据对存储、计算机性能等方面以每12-18个月10倍的速度在增长,并已远超越著名的摩尔定律。基因序列拼接是一个巨大数据量的处理过程,对CPU的频率、内存都有十分苛刻的要求。传统四路服务器在运行该类软件Phrap,效率非常低,耗费大量宝贵时间。TS850八路胖节点利用多线程技术加速其中具有并行性的部分,对Phrap程序的SMP机器并行版本有较好的支持,获得更好的时间效率。
中科院生物物理所作为我国顶尖的生命科学基础研究所,对于高性能计算平台有着极其苛刻的要求,浪潮凭借基于智能胖节点TS850的高性能解决方案在众多方案中脱颖而出。浪潮TS850凭借其超大核心数和大容量内存,以及优异的并行性能最大限度地提升基因序列拼接软件的效率。
“好用、用好”
以上是选取CAE领域、计算化学、生命科学三个行业进行的详尽解读,由于篇幅所限,其他石油勘探、环境科学等行业不再进行解读。
浪潮高性能的业务理念是“好用用好”,即“只有通用的平台,没有通用的应用”,提供定制化的方案,让平台“好用”,并通过全程的技术服务,让客户“用好”。用户在搭建高性能系统,应用、成本、管理、效率等多种因素需要综合考量。不可否认,一些平台往往从成本考量,采用四路服务器做胖节点,但是采购成本仅占高性能平台的全生命周期成本的一半不到,八路服务器的性能、效率等优势会在整个生命周期中显现出来,提供更好的总体成本,因此,我们还是推荐客户采用八路大型服务器,特别是运行Open-MP程序和大型任务的平台。