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基于GPU技术的化学跨规模超级计算

  【IT168 现场报道】GPU技术大会亚洲站(GTC Asia)于2011年12月14-15日在北京国家会议中心隆重召开,这也是GPU技术大会首次登陆中国。作为业界最大的技术盛会,GPU技术大会旨在分享GPU给科学和计算带来的变革性的影响。在GPU技术大会亚洲站上,来自顶尖科学研究机构的科学家们将参与到一系列演讲、技术分享会、辅导课程、小组论坛和圆桌讨论会中,探讨GPU如何改变高性能计算(HPC)行业以及GPU如何帮助加速解决学者、研究人员、科学家以及开发者所面临的复杂计算难题。

基于GPU技术的化学跨规模超级计算
▲中国科学院过程工程研究所葛蔚

  在12月14日举办的百亿亿次(ExaScale)研讨会上,全球高性能计算的顶尖专家分享Exascale超级计算的最新研究成果,共同探讨由Exascale超级计算所能实现的结构性的研究方法,以及挑战和机遇。中国科学院过程工程研究所葛蔚发表了“化学工程中从自由基到反应器的跨规模超级计算”的演讲,介绍了超级计算系统Mole-8.5在化学以及能源领域的应用进展。

  2009年,中国科学院过程工程研究所研制国内首套单精度千万亿次高效能超级计算系统Mole-8.5,2010年升级达到双精度千万亿次峰值速度,并在中科院院11个研究所构建了聚合计算能力接近单精度五千万亿次的分布式GPU超级计算环境,显著降低了超级计算的成本。

基于GPU技术的化学跨规模超级计算
▲Mole-8.5

基于GPU技术的化学跨规模超级计算
▲Mole-8.5节点结构

  Mole-8.5的Linpack达到496.5Tflops,同时Mole-8.5也追求更高的能效比,每瓦特性为963.7,在Green500的排名中排名第9,Mole-8.5采用了CPU+GPU的异构模式,支持C、C++、CUDA、OpenCl等语言和架构。

  Mole-8.5主要应用于大尺度的化学领域模拟应用,在实时的模拟工作过程中,中国科学院模拟时间已达到正式运行的9分之一。如图气象和固象模拟应用中,暗的位置代表固象,蓝色代表低速运动原子,红色代表高速运动的原子,通过跟实验的数据对比,模拟的数据跟实验数据也是非常吻合的。

基于GPU技术的化学跨规模超级计算
▲气象和固象模拟

  葛蔚介绍,在化学和能源领域,均已经存在了面向各自应用的超算系统。一方面,随着模拟从分子级向米级的深入,各自的超算系统在追求更高的运算速度和性能,一方面,在化学工程中,出现了越来越多的跨规模的超级计算,如何加强集群与集群之间的软硬件衔接和兼容是一个非常重要的问题和挑战。

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