【IT168 现场报道】10月26至29日，一年一度的高性能计算领域盛会“2011年全国高性能计算学术年会”(HPC China 2011)在山东济南山东大厦召开。26日举行的是国际高性能计算咨询委员会2011中国研讨会(HPC Advisory Council China Workshop 2011)，IT168作为独家网络支持媒体为您做现场报道。
国际高性能计算咨询委员会亚洲区总监刘通作了《高级计算要集群性能优化与应用程序实行分析》的报告，分享了GROMACS、CP2K、NAMD、CPMD、LS-DYNA几个应用的MPI网络通信测试情况和优化结果。
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比如，GROMACS是分子动力学通用软件包，用于模拟含几百到几百万粒子体系的牛顿运动方程。它特别适用于生物分子，如蛋白质，油脂等有大量复杂健作用的体系，但是由于GROMACS在计算非键作用(这占了模拟的主要部分)时相当快，因此也可广泛应用于非生物体系，如聚合物。
对于GROMACS来说，应用程序中有75%都耗费在了点对点通信上面，而点对点通信主要是用来测带宽;随着核数的增加，集群通信的比重开始越来越大，这主要是用来测网络延迟。基本上，集群小时，带宽很重要，规模变大时，延迟很重要。
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对于不同的应用来说，由于应用特征不一样，因此可以优化的措施也不同，用户最好能对症下药。
