3.PHPC100在生物计算中的应用

3.1适用性分析

受限于应用软件的性能可扩展性，并行计算平台并不是规模越大性能越好。根据统计，大多数生物计算应用软件的性能可扩展性在8－60，更多的进程并不能带来性能的提升。

单台PHPC100可以配置5个计算模块，达到40个处理器核心，可以满足大多数生物计算应用的需要。在有扩展需求的情况下，可将多台PHPC100互连，解决系统的可扩展性。6台PHPC100互连，可以实现240个处理器核心的并行处理，几乎可以满足所有的应用需要。

所以与其他计算平台相比，曙光PHPC100可以生物计算用户提供非常具有特色和优势的解决方案，适用在办公室环境，从而避开了需要专用机房等苛刻要求。

3.2生物计算软件包

为了提高系统的易用性，优化应用软件的性能，曙光PHPC100平台配备了高性能计算应用软件包。
软件包中包含了生物计算领域经常使用的多个应用软件，包括MPIBlast，Gromacs，NAMD，DOCK，Palm等。只需要菜单式操作，就可以实现这些软件在PHPC100上的自动安装部署，用户可以直接运行应用程序。

3.3推荐配置

曙光PHPC100计算机基于模块化设计，作为生物计算平台时，推荐配置如下：

3.4方案优势

1）. 工作站的价格
PHPC100计算机价格相对较低，标准配置在二十万人民币左右，随配置的变化价格差异也比较大。较低的价格为普通用户使用并行计算机敞开了大门，可以进一步促进高性能计算的普及，从事生物研究的每个组织和个人都可以买得起PHPC100，用得起高性能计算机。

2）. 高性能计算机的性能
PHPC具有高性能计算机的性能。PHPC首先是HPC，属于高性能计算机的范畴。事实上，PHPC100可以提供40个处理器核心，通过Infiniband网络互连，可以发挥出优异的并行处理性能，满足大部分生物计算应用的需要。多台PHPC100可以互连，实现系统的规模扩展，同时保持系统性能的可扩展。

3）. PC机的使用环境
PHPC100属于个人高性能计算机，也可以称为桌面高性能计算机，可以同PC机一样在办公室环境使用，对机房、供电、制冷没有特殊的要求。PHPC100计算机噪音小，辐射低，从而保证了办公室环境使用的可行性。

4）. 生物计算应用软件包
PHPC100配置了生物计算应用软件包，软件包中包括多种生物计算应用软件。软件包可以实现应用软件的自动安装部署，并做了针对性优化。在PHPC100平台上，用户可以直接运行应用软件，避免了软件安装部署以及配置优化的繁琐过程。

5）. 易管理使用
PHPC100计算机配置了管理软件，简化了系统的管理维护，管理使用PHPC100计算机就像管理使用PC机一样方便。

6）. 整体拥有成本低
使用PHPC100计算平台，用户不仅仅是降低了计算机的采购成本，而且节省了机房等基础设施费用，节省了工业专用空调等制冷设备。并且，PHPC100采用了环保节能设计，与其他计算机系统相比，能耗更低。PHPC100计算平台不需要专职系统管理人员，可以节省人力成本。