从天到小时 科研效率大提速
利用计算机进行药物筛选是针对治疗疾病的靶标——生物大分子(酶、蛋白质、受体或核酸)来筛选化学小分子库。如同是从一堆钥匙中选出匹配的钥匙来打开特定的锁一样。生物大分子好比是钥匙,药物小分子好比是锁,要选择合适的生物大分子来打开药物小分子这把锁。这就是药物研究中的锁和钥匙原理。
黄牛博士介绍,在研究过程中,要有效地利用所获得的生物学信息,来针对疾病靶标设计治疗性药物,就需要从原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和生物功能之间的关系,而生物大分子及其环境组成的系统往往包括几万至几十万个原子,因此在这么大的数据库里面要实现“一把钥匙配一把锁”,是一项十分复杂和困难的工作,这样的研究没有高性能计算机根本不可能进行。
黄牛博士在谈到这套浪潮天梭时高兴地讲到,这套系统可提高筛选效率几十甚至上百倍。例如过去利用单个CPU的工作站对一个生物大分子进行20万个小分子库的筛选需要10多天,如今采用浪潮天梭超级计算机仅仅只要半个小时,大大提高了工作效率。
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2003年,浪潮就为华中科技大学构建了大型生物信息数据中心,这是亚太地区第一套基于Infiniband技术的科学计算平台;
2006年底,中国四核第一单——19个节点的浪潮天梭成为中科大生命科学院的蛋白质结构解析平台;
2007年底,采用四核处理单元构建的浪潮TS10000高性能科学计算系统在广东省实现首次成功应用;
2008年初,为北京生命科学研究所提供的“中国45纳米四核第一单”的高性能集群定制化方案,实现了计算密度和功耗节能的完美结合,其计算峰值也成就了中国生命科研领域计算最高峰,不仅显露出浪潮在高性能计算领域雄厚的技术研发实力,也进一步巩固了浪潮在中国生命科学研究领域的优势地位。
6.5万亿次高性能平台助力中国生命科研事业
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