对于一款2U Xeon服务器，散热系统的优劣很大程度上决定着服务器的稳定性。在ASUS AP2400-E1中，除了处理器是主要的发热源外，8个硬盘舱在使用高速硬盘时也需要系统提供良好的散热条件。为了提供充足的气流辅助散热，ASUS AP2400-E1的机箱内提供了7个高速风扇，并且可以根据系统温度的高低来调整风扇的转速。
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这款服务器的上盖板采用了两段式设计，如果风扇在服务器的运行过程中出现故障，管理员可以不借助任何工具打开前段盖板，以热插拔方式更换出现故障的风扇。
在机箱的后部，ASUS AP2400-E1还配备了可以从外部直接更换的辅助散热风扇，这对那些需要提供不间断运行的环境来说，可以最大程度上减少由于散热系统故障而引起的停机。
