【IT168 报道】休斯敦大学领先计算实验室(ACRL)和德州知识计算中心(TLC2)采用基于AMD皓龙处理器的服务器集群进行前沿科学研究工作。

 　　应用强大的AMD64位计算平台，大大增强了我们研究工作和日常教学所需的计算能力，我们之所以选择AMD皓龙处理器，就是因为看到了其强大的性能。基于AMD处理器的计算机凭借着其强大的可靠性，可以很好的服务于德州计算中心的每间教室。根据我们以往的经验，我们知道这些计算机可以很好的满足我们在科学理论研究方面的所有的要求。

     Lennart Johnsson博士，休斯敦大学领先计算实验室(ACRL)和德州知识计算中心(TLC2)主任.

机构简介

　　休斯敦大学德州知识计算中心是一家非常有前途的大学实验室。专门从事计算机科学、工程、基础计算科学等方面的创新研究工作，简称TLC2的计算中心为学校的学生和研究人员提供计算支持，通过高性能计算机和网络资源串联各个院系和部门。凭借一流的可视性和大型的存储设施探索和解决一些今天科学界所面临的最复杂的问题。

　　ACRL进行算法和软件方法领域的研究工作，并从事软件开发，其软件产品可以实现用于大规模科学与工程计算的高性能平台的高效使用。通过这项研发工作，ACRL促进了新技术和新平台的提早应用。

挑战

　　长期以来，科学及工程设计一线工作所进行的大规模科学与工程计算一直依赖64位平台.工业标准64位平台和开放软件的出现，使得研发工作可以把科学和工程工作的前沿进一步向前推进。.另外,在生命科学领域新兴学科(即生物学)发生了转变，从实验较强的类型转向计算密集类型。这种计算需要方面的转移产生强大计算需求。更需要高性能、行业标准的64位计算和大型高性能的内存和I/O系统。

  　ACRL的挑战是，在其主导市场之前，即在基于新架构平台的时代来临之前，将其研发工作转向科学和工程市场中作为主流的、基于全新架构的系统。如果对于此类系统将在未来成功的判断是正确的话,则领先计算实验室(ACRL)的研发将是一个很好的投资，对于新架构的采用及其在未来的成功将是非常有价值的贡献。

　　TLC2的挑战是，在预算与各个国家中心相比非常有限的情况下，提供资源进行在国际国内都非常有竞争力的研究和教育工作，同时要将需求发展超出32位平台能力的用户转移到64位平台当中来。TLC2 的科学家中包含了很多大的用户。

解决方案

　　在2002年，领先计算实验室(ACRL)决定采用AMD皓龙处理器构建这个重要的系统用于大规模的科学研究和工程模拟。在洛斯阿拉莫斯计算机科学研究所(lacsi)的支持下, ACRL决定建立适度规模集群用于他们的研发工作. 在2003年的春天,生物信息学领域的TLC2科学家得出结论认为,他们所需要的大内存的基于AMD皓龙处理器的4-路平台是最符合成本效益的解决方案. Johnssn博士说：”AMD皓龙处理可以运行32和64位的两个平台的应用,这就可以避免最重要的生物组评估无需重新编译。”　　

     基于ACRL和TLC2最大用户群体之一的需要和他们的共同利益, ACRL和 TLC2开始构建20节点集群. 集群有16节点采用型号为246的AMD双路皓龙处理器，带有4GB内存，另外四个节点采用型号为842的AMD4路皓龙处理器，带有16GB内存. 所有节点都由具有四倍体InfiniBand的网络进行互联.令ACRL团队特别感兴趣的是集成内存控制器到AMD皓龙处理器中,这被认为是解决了业界瓶颈的常规设计。

效果

　　Johnssn博士预计应用新的AMD皓龙处理器集群所产生的整体效应将影响深远。“AMD皓龙处理器提供了极具竞争力的解决方案，在前沿科学的研究开发以及工程设计方面优势突出，这对ACRL的研究工作产生了非常重大的影响。同样对TLC2师生来说，大大提高了理论和实验研究效率，成倍的缩短了计算周期,并能很好地处理日益增长的庞大且详细的数据。”

　　ACRL and TLC基于AMD皓龙构建的计算集群，还在为由Johnsson博士领导的重要举动之一提供了直接支持——即在各个研究群体间提供更好的数据共享和协作. “在过去,许多研究群体共享数据和成果只通过刊物和会议出版物,这种形式的共享需要数月甚至数年. 通过用于安全信息共享的完善网络能力和软件环境，很多群体现在进行数据共享，正开始以小时和周计量时间尺度，同时不受各群体成员的位置限制。 折中完善安全的共享将为TLC2的很多研究和教育活动带来益处。基于AMD皓龙处理器的计算集群将发挥重要作用,以帮助我们走向这个方向,尤其是生物信息技术研究者。